Stal se také ministrem vlády, která si dala do názvu odpovědnost a boj s korupcí.
 
Poté, co vyšly najevo výsledky šetření Finančně-analytického útvaru MF ČR (FAÚ), z něhož vyplynulo závažné podezření z tunelování prostředků na české předsednictví EU, které měl Alexandr Vondra jako místopředseda pro evropské záležitosti na starost, včetně podezření z praní špinavých peněz, však Vondra otočil. Na svoji obhajobu uváděl ať již vědomě či nevědomě nepravdivé informace a odmítal v rozporu se svými proklamacemi i s krédem vlády, jejímž je členem, nést jakoukoliv – přímou či nepřímou, manažerskou či politickou – odpovědnost.
 
Veřejnost oprávněně ztrácí důvěru ve své volené představitele, neboť Alexandr Vondra se jim na svém osobním příkladu snaží již měsíc namluvit, že ministr či místopředseda vlády je pouze protokolární, nikoliv manažerská funkce. Alexandr Vondra svými výmluvami a argumenty, které se následně vždy ukázaly jako nepravdivé, aspiruje na titul Barona Prášila české politiky. Bohužel, německý baron rezignoval, náš Baron Prášil však zůstává.
 
Vondrova argumentace přitom není logická ani v případě svalování odpovědnosti na jemu tehdy podřízené úředníky, neboť jednoho z podle něj odpovědných úředníků za případné tunelování českého předsednictví, Františka Nadymáčka, který veřejně obhajoval zadání zakázky firmě ProMoPro bez výběrového řízení, jmenoval do klíčové funkce šéfa Úřadu pro dohled nad akvizicemi Ministerstva obrany ČR. Podle všeho tak udělal „kozla zahradníkem“, neboť za Vondrova působení v čele ministerstva obrany je drtivá většina zakázek ministerstva zadávána přímo vybraným firmám.
 
Německý ministr obrany Guttenberg stejně jako Vondra odmítá svoji odpovědnost za tzv. aféru Copygate. V ní je podezřelý z opsání své doktorandské práce na vysoké škole, zatímco Vondra je podezřelý, že pod jeho vedením došlo k defraudaci státních prostředků ve výši stamilionů korun a následnému praní špinavých peněz. Zatímco však Guttenberg na funkci ministra obrany rezignoval, neboť chápe, že „skandál strhával veškerou pozornost na jeho osobu a neumožňoval mu plně se věnovat práci ministra“, Vondra se zuby nehty drží funkce ministra, celou kauzu politizuje a zpochybňuje nezávislost orgánů, které podezřelé finanční toky odhalily.
 
Vondra by si měl přečíst některé své výroky z minulosti, připomenout si své vlastní sliby a závazky, a přijmout odpovědnost, které se dovolával jak u politiků ČSSD, tak u svých vnitrostranických konkurentů. Pokud na funkci ministra nerezignuje, dává přesně opačný vzor, než jeho německý kolega, čímž nejen, že posiluje nedůvěru veřejnosti vůči svým voleným zástupcům, ale poškozuje tak i pověst ČR v zahraničí. Kdo jiný, než on, bývalý disident a diplomat, by měl jít vzorem hodnot, které v politice agilně připomínal všem okolo.
 
Jiří Paroubek